Para poder hablar del nacimiento del Colegio San Bernardino de Sena primero debemos remontarnos a la fundación de la ciudad de Mulchén. Al llegar el Coronel Cornelio Saavedra en el año 1861, al lugar que mas adelante se llamaría Mulchén, se hacia acompañar del capellán de las tropas Fray Alejandro Manera (quien mas adelante se convertiría en el primero director de la escuela) el cual venia con una sola misión, evangelizar la Araucanía.
Alejandro Manera decidió como prioridad enseñar oficios a los habitantes de la zona los cuales la gran mayoría, por no decir en su totalidad, eran indígenas del sector. Uno de esos oficios enseñados fue la curtiembre llegando a ser una de las labores mas realizadas por los lugareños. Paralelamente a esto construía la primera iglesia y escuela de la ciudad de Mulchén comenzando a funcionar el año 1862 con el nombre de Escuela San Bernardino de Siena, nombrada así por el santo italiano del mismo nombre. Durante la década de los años 50 se contratan los primero profesores seglares para enseñar en el colegio, uno de los nombres de ellos es la Profesora Graciela Pérez que trabajó en el establecimiento durante los años 1950 y 1960.